Disseminoitunutta gonorrheaa 2019 , superbug resistensttiä gonorrheaa

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30995376

M.TBC ja ihmisenimmuunivaste

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30118682

• Format: Abstract
• Suomennsota.  Vaikka ihmisen makrofagit ovat hyvin varustautuneita  vahvoin antibakteeritoiminnoin, niin tubimykobakteeri pystyy replikoitumaan näiden luonnollisen immuniteetin solujen sisällä.   Makrofagien sisäsyntyisen bakteerikontrollin determinantteja ja  tubibakteerin strategioita niiden  voittamisessa  ymmärretään  hyvin  vajavaisesti.  Tässä artikkelissa kerrotaan tutkimuksesta, jonka keskiönä on tämän  osin tuntemattoman asian selvittely. Tutkijat tunnistivat 187 proteiini-proteiini-interaktiota  tubibakteeriproteiinin ja  ihmisen proteiinin välillä ja niistä 34 oli    M.tuberkulosis .bakteerin eriteproteiineja . He  tekivät interaktiokartan ja siinä havaittiin  kaksi tekijää, jotka osallistuivat tuberkuloosibakteerin patogeneesiin.  Toinen oli tubibakteerin erittämä  solukalvon lipoproteiini lpqN ja toinen oli  se partneri, johon se ihmisproteiineista kiinnittyi:  yksinkertaisen  RING- sinkkisormi- rakenteen omaava  E3 ubikitiiniligaasi CBL.  Tutkijat havaitsivat että  tubibakteerin  lpqN- eriteproteiinin suhteen mutatoitunut  tubibakteeri heikkeni makrofagissa, mutta pystyi kasvamaan vain, jos CBL-ubikitiiniligaasi oli poistettu makrofagista.  Jos  muodostettiin CBL(-/-) makrofageja , makrofagien  immuunivasteen polarisoituminen muuttui. Nyt niistä tuli  resistenttejä viruksia vastaan, Tästä pääteltiin että CBL-ubikitiiniligaasi  säätelee solujen sisäistä polarisoitumista antibakterielli- ja antivirusimmuniteettivalmiuksien  välillä.  Yhteenvetona  nämä löydöt  valaisevat  tubibakteerin ja  ihmissolun  proteiini- proteiini-interaktio-kartan  käyttökelpoisuutta  muodostettaessa parempaa käsitystä mykobakteerin ja isäntäorganismin  välisistä   monimutkaisista  vuorovaikutuksista.

Mol Cell. 2018 Aug 16;71(4):637-648.e5. doi: 10.1016/j.molcel.2018.07.010. An Mtb-Human Protein-Protein Interaction Map Identifies a Switch between Host Antiviral and Antibacterial Responses. Penn BH¹, Netter Z¹ et l. Abstract

Although macrophages are armed with potent antibacterial functions, Mycobacterium tuberculosis (Mtb) replicates inside these innate immune cells. Determinants of macrophage intrinsic bacterial control, and the Mtb strategies to overcome them, are poorly understood. To further study these processes, we used an affinity tag purification mass spectrometry (AP-MS) approach to identify 187 Mtb-human protein-protein interactions (PPIs) involving 34 secreted Mtb proteins. This interaction map revealed two factors involved in Mtb pathogenesis-the secreted Mtb protein, LpqN, and its binding partner, the human ubiquitin ligase CBL. We discovered that an lpqN Mtb mutant is attenuated in macrophages, but growth is restored when CBL is removed. Conversely, Cbl^-/- macrophages are resistant to viral infection, indicating that CBL regulates cell-intrinsic polarization between antibacterial and antiviral immunity. Collectively, these findings illustrate the utility of this Mtb-human PPI map for developing a deeper understanding of the intricate interactions between Mtb and its host.

Copyright © 2018 Elsevier Inc. All rights reserved.

KEYWORDS:

Cbl; LpqN; host-pathogen interaction; macrophage; mycobacterium; protein-protein interaction; tuberculosis; ubiquitin

Comment in

• Bacterial Protein Reshapes Host Defense toward Antiviral Responses. [Mol Cell. 2018]

Trypanosoma cruzei ja sen siaalihappotalous

LÄHDE:
http://hdl.handle.net/2077/57823

Väitöskirjan  ajatusmaailmaa valaistakseni etsin netistä jonkin kuvan jossa  näitä sialihappoja  esiintyisi.  Jokainen bakteeri on kuin oma planeettansa jolla on oma maisemansa.  Sen takia  monella mikrobilla on  sitä koskeva " oma  väitöskirjansakin". 

Löytyi kuva erään bakteerin T.  cruzi-  erään vaiheen    rakentamasta itsepuolustus ja elossapysymisarsenaalista. 
voi sanoa:  sille tyypillisestä maisemasta.

 Tämä T. cruzi, joka linkin  väitöskirjassa mainitaan,ei pysty itse syntetisoimaan sialihappoja, vaan se on kokonaan riippuvainen entsyymistä alfa(2,3)-sialidaasi, joka on trans-sialidaasi ja se pyydystää (scavenge) sialihappoja donorista, isännästä (siis valmiiksi tehtyinä ihmisestä)  eräällä glykosyylitransferaasireaktiolla.
 GPI-ankkyroituneita  TS entsyymeitä on bakteerin  trypomastigoottivaiheella ja sitä voi esiintyä ihmisen  seerumissa.
 Kuva esittää muutamia termejä joita väitöskirjassa esiintyy.  Kuvassa näkyy kuinka bakteerin omat musiinit täytyy varustaa  sialihapolla (Neu5Ac,  joka on ryöstetty  donorista ja sitten asetettu bakteerin musiinin päätyyn harhauttamaan ihmisen immuunivastetta, joka aina päivystää ja lukee  kehon  proteiinien tunnuksia.  Kun se lukee tuon päätysialihapon, noteeraus  on: "Mutta-tämähän on minä-itse!"- ja niin  sitten parasiitti säilyy  komplementin hyökkäykseltä kamouflagen alla.

Sialihappo 
Sialyloitu donori
Trans-sialidaasi entsyymi  
Sialyloitu musiini
 


..mucins have a constant turnover on the parasite membrane being replaced by de novo synthesized unsialylated proteins that acquire the sialyl residues as they become exposed on the surface to the sialyl donors and TS. Mucins half-life was estimated at 45 min with an almost complete turnover in about 2 hours.

 https://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1005559

Trypanosoma cruzi, the agent of Chagas disease or American trypanosomiasis, is unable to synthesize sialic acids, entirely depending on a modified α(2,3)-sialidase known as trans-sialidase (TS) to scavenge them from the host’s glycoconjugates through a glycosyl-transfer reaction. TS constitute a family of glycosylphosphatidylinositol (GPI)-anchored proteins...GPI-anchored-TS is expressed in the infective parasite (trypomastigote) stage and can be easily found in sera from acutely infected mammals or in trypomastigote-conditioned medium after shedding [4, 5]. Hence, TS is considered a virulence factor of T. cruzi.

Sialic Acid Glycobiology Unveils Trypanosoma cruzi Trypomastigote Membrane Physiology

 

AMR = Antimicrobial resistance

https://www.who.int/en/news-room/fact-sheets/detail/antimicrobial-resistance
WHO, FAO ja OIE ovat  tripartiitti-yhteistyössä  tämän asian takia.
WHO/FAO/OIE lähteestä löytyy  paljon asiaa ja ohjetta.

Thesis (aihepiiri AMR): Elin Dunewall 2019 kalvoproteiineista Siaalihapon kuljettajista (SiaT). Merkitystä antibioottiresistenssissä

22.1. 2019 havaitsin tällaisen  väitöskirjan olevan esillä:

Elin Dunewall. Structural and functional studies of membrane proteins. 
Kalvoproteiinin rakenteellisia ja funktionaalisia tutkimuksia.

For future development of antimicrobial drugs. 
Antimikrobilääkeiden tulevaa kehittelyä  varten.
Department of Chemistry and molecular biology. PH.D. Thesis. University of Gothenburg.
ISBN 978-91-7833-292-2.

Kävin tänään 1.2. 2019 kuuntelemassa  väitöstilaisuuden kemianlaitoksella, joten sain myös kirjan mukaani  kotiin tutustuakseni tarkemmin sisältöön.

Neuramiinihappo eli siaalihappo  on tärkeä ihmiskehon oma molekyyli, mutta se on ehkä eniten tullut tutuksi siitä interfaasista, missä se sijaitsee ihmisen ja mikrobimaailma välisessä konfrontaatiossa.
Olisiko tästä molekyylistä jotain  tietoa, jotain johon voisi perustaa uutta sofistista strategiaa mikrobien voittamiseen silloin kun ihminen joutuu niitten kanssa alakynteen.

Tähän interfaasiin pureutuu tämä väitöskirja ja uusiakin löytöjä on tehty,  entisiä varmistettu ja  mikä mukavaa,  kirjaan liittyy  hyviä valaisevia kuviakin.

Abstraktia olen lukenut läpi muutamia kertoja  saadakseni  väitöskirjan  sisällön  yhteenvedosta asiasta paremman käsityksen.

Ehkä tässä ennenkuin perehdyn tarkemmin kirjaan suomennan abstraktia.  Väitöksen opponentin ja muiden  arvovaltaisten mielestä kirja on loistava ja   todella onkin.  Väitöstilaisuus oli myös kaiken puolin vastaava.

Jatkuu:  lisään tähän   lyhyen referaatin suomeksi,  kun saan sen tehtyä.

http://hdl.handle.net/2077/58373  

Huomaan että  en saa asiaa selkeäksi, jos lyhentelen vielä lyhemmäksi kuin abstrakti, joten käänsin abstraktin:

xxxxxxxxx

(Elin Dunewallin väitöskirjan  tiivistelmän suomennosta)

Antibioottiresistenssi on maailmanlaajuinen ongelma ja ihmiskunnan terveyden uhka. Jos ei kehitetä mitään uutta ja tehokasta antibioottia, antibioottiresistenssien bakteerien aiheuttamat nopeasti lisääntymässä olevat infektiot voivat aiheuttaa yhteiskunnalle vähän samankaltaisen tilanteen, mikä vallitsi ennen antibioottien valtakautta; silloinhan ihminen menehtyi yksinkertaiseenkin keuhkotulehdukseen. 

Tämä Elin Dunevallin väitöstyö esittää kaksi skenaariota, joissa kohdennetaan antibioottiresistenssiin. Limakalvolimaa (mucus) runsaasti sisältävissä miljöissä esiintyvät bakteerit kykenevät hyödyntämään isäntäkehosta peräisin olevaa siaalihappoa joko vaihtoehtoisena ravintonaan tai asentamalla siaalihappoja omiksi pintaglykokonjugaateikseen, mikä on niiden tapa päästä isäntäkehon immuunijärjestelmältä ulottumattomiin. Täten molekyylien samanlaisuus tekee bakteerit kykeneviksi varmistamaan ekologisen elossapysymispesän itselleen. Pyydystämänsä siaalihapon bakteerit kuljettavat omaan sytoplasmaansa siaalihappokuljettajiin (SiaT) sitoutuneena. Bakteerin soluseinämä on bakteerin  välttämätön, essentielli, suojavalli, barrikadi. Bakteerikalvon entsyymi MraY katalysoi produktinsa I-lipidin synteesiä ( mikä on kalvoon sitoutumisessa ensimmäinen askel). I-lipidi on välituotevaihe bakteerisoluseinämän peptidoglykaanin biosynteesissä.

Tässä väitöksessä esitetään työ, jonka tarkoituksena on ollut luonnehtia rakenteellisesti ja funktionaalisesti siaalihapon kuljettajia (SiaT)  ja MraY- nimistä entsyymiä antibakteerilääkkeiden tulevaa kehittelyä varten.

 Aloitettiin siaalihappokuljettajien (SiaT) ilmenemän ja funktionaalisuuden laajahkolla  lähestymisellä ja tulokseksi saatiin Pasteurella multocida - bakteerin siaalihapon TRAP-kuljettajan kiderakenne (low-resolution difracting crystals). Lisäksi määriteltiin Proteus mirabilis-bakteerin siaalihappokuljettajan (SiaT) kiderakenne röntgensäteilykristallografialla 1.95 Ångströmin tarkkuudella substraattiin sitoutuneena ulkosuuntaan aukeavana konformaationa, jolloin löytyi uusi natriumia (Na) sitova kohtakin ( Opponentti esitti SiaT- kidekuvan valaisevasti kolmiulotteisena kuvana animaationa) (1 Å = 0,1 nm) .   Lisäksi siaalihappokuljettajia (SiaT) luonnehdittiin in vivo (elävästä kehosta) ja Staphylococcus aureuksen SiaT -proteiinista on luonnehdittu sen siaalihappospesifisyyyskin. Kun vertailtiin  bakteerin MraY -entsyymiä ja ihmisen homologista GPT- entsyymiä (GlcNAc-1-P-transferaasi) saatiin valoa niistä kohdista, joita voidaan modifioida luonnollisella tuoteinhibiittorilla tunikamysiinillä, jonka selektiivinen kohde on MraY. Kun edelleen luonnehdittiin tunikamysiinin analogeja, tunnistettiin vahvoja inhibiittoreita, joiden eukaryoottinen toksisuuskin oli vähempi.

xxxxxxxx

Muistiin 2.1. 2019 . Linkissä on  abstrakti englanninkielisenä. Kirja on satavilla lainaksi Biomedisiinisessä
Täytyy muistaa  siirtää tämä  Infektioista  - blogiin  myös. Siellä on muutakin siaalihaposta

Abstraktissä  mainittuja bakteereja. 
Pasteurella multocida
Proteus mirabilis
Staphylococcus aureus

Trichinella eli trikiini viihtyy Suomen metsänpedoissa

https://www.ruokavirasto.fi/teemat/zoonoosikeskus/uutiset/2018/joka-kolmannella-suomen-villipedolla-trikinella/
Evirauutisia:

Joka kolmannella Suomen villipedolla trikinella

5. joulukuuta 2018

13.11.2018

Trikinellat eli trikiinit viihtyvät edelleen Suomen metsänpedoissa: monivuotisissa seurantatutkimuksissa noin joka kolmas tutkittu eläin on osoittautunut trikinellapositiiviseksi. Valtaosa trikinelloista on edelleen supikoirissa, mutta trikinellalajisto on muuttunut. Kun karhuja, mäyriä tai muita petoeläimiä laitetaan ruoaksi, on syytä muistaa, että kaikki trikinellalajit tarttuvat huonosti kypsennettyä lihaa syömällä helposti ihmiseen.
Suomi kuuluu trikinellatiheydeltään maailman kärkeen. Viimeksi trikinelloja, vanhemmalta nimeltään trikiinejä, tutkittiin vuosina 2011–2013 ja tuloksia verrattiin aiempiin, vuosilta 1993–1997 ja 1999–2005 saatuihin tuloksiin. Tutkimukset todistavat, että trikinellalajisto on muuttunut.
"Trikinellan villeissä eläimissä tapahtuva niin sanottu sylvaattinen elämänkierto on varmaan ollut Suomessa hyvin yleinen jo siitä alkaen, kun supikoirat asettuivat tänne, mutta ainakin viimeisten 30 vuoden ajan. Lapissa, missä supikoira ei ole vielä yleistynyt, myös trikinellat ovat harvemmassa", sanoo tutkimusprofessori Antti Oksanen Elintarviketurvallisuusvirasto Evirasta.
Suomessa tavataan neljää lajia: Trichinella nativa, Trichinella spiralis, Trichinella pseudospiralis ja Trichinella britovi. Kullakin on oma asemansa ja roolinsa ekosysteemissä, mutta osin ne myös kilpailevat elintilasta keskenään.

Arktinen laji ei yleensä tartu sikoihin

Nykyinen valtalaji Suomessa on arktinen T. nativa.

"Ilmastonmuutoksen voisi olettaa heikentävän pohjoisen lajin elinmahdollisuuksia, mutta lajin suhteellinen osuus tunnistetuista trikinellamadoista on 1990-luvulta noussut 2010-luvulle tultaessa noin 60 prosentista 90 prosenttiin. Koska kaikkien trikinellatartuntojen yleisyys ei ole muuttunut, on arktinen laji yleistynyt ilmaston lämmitessä entisestään", toteaa Oksanen.
Suomalaisissa villisioissa on todettu joitakin T. nativa -tapauksia, mutta yleensä laji ei tartu sikoihin. Trikinellalajeista suuri häviäjä on T. spiralis, joka tunnetaan erityisesti kotieläinten ja rottien elämänkiertoon sopeutuneena ihmisläheisenä kulttuuritrikinellana.
Lajin osuuden pudotus 15 prosentista yhteen prosenttiin vuosina 1993–2013 selittyy suomalaisen sikatalouden modernisoitumisella EU-jäsenyyden myötä. 2000-luvun alussa trikinellatartunnat hävisivät sioista käytännössä kokonaan ja T. spiralis ei enää levinnyt tiloilta metsäkiertoon.
Toinen häviäjä on ainoa myös lintuihin tarttuva laji, T. pseudospiralis, jonka osuus trikinelloista on pudonnut kymmenestä prosentista ensin kahteen ja sitten puoleen prosenttiin.
"Lajin kohtalo askarruttaa. Onko se oikeasti häviämässä ja jos on, miksi ihmeessä? Ehkä toukkanäytteiden varastointi heikensi erityisesti tämän lihakseen kapseloitumattoman lajin tunnistusta. EU:n vertailulaboratoriossa Roomassa tunnistetuista vuonna 2017 kerätyistä yhteensä 206 suomalaisesta toukkanäytteestä T. pseudospiralis todettiin sentään neljässä prosentissa. Tämän lajin toukkien säilyvyyttä pitää tutkia lisää", sanoo Oksanen.
Trichinella britovi -lajin eli eurooppalaisen metsätrikinellan osuus kokonaismäärästä on pysytellyt melko vakiona, vähän alle 10 prosentissa.
Trikinellan lajintunnistukset tehdään lihasnäytteistä, joista trikinellatoukat kerätään ja määritetään multiplex PCR -menetelmällä. Suomalaistutkimuksissa lajinmäärityksiä on tehty Helsingin yliopistossa, Evirassa ja EU:n vertailulaboratoriossa Roomassa.
Eviran ja EU:n vertailulaboratorion yhteistutkimus on julkaistu tieteellisesti vertaisarvioidussa lehdessä:
Oksanen, A., Interisano, M., Isomursu, M., Heikkinen, P., Tonanzi, D., Oivanen, L., Pozio, E. Trichinella spiralis prevalence among wildlife of a boreal region rapidly reduced in the absence of spillover from the domestic cycle. Veterinary Parasitology 2018: 262, pp. 1–5.

Echinococcus Taenidae- heimoon kuuluva heisimato

https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(18)32852-6/fulltext?dgcid=raven_jbs_etoc_email
Lansetti kertoo syyrialaisen 5-vuotiaan lapsen keuhkokavernista,  kystisestä ekinokokkoosista.
Lääkkeet:  piperasilliini ja tazobaktam  aluksei, linezolidi lisätty ...
Sitaatti:
A 5-year-old migrant boy from Syria came to our clinic complaining of a worsening cough that had started about 6 months earlier. On clinical examination, he was found to be hyperpyrexic and tachypnoeic with sternal recessions and decreased air entry on his right side. Laboratory investigations showed a raised C-reactive protein level of 247 mg/L (normal value <5 10="" a="" and="" leucocytosis="" mg="" sup="">9
per L) without eosinophilia. Chest x-ray showed a large, ill-defined, radiolucent, cavernous lesion in the right upper lobe with a radiopaque mass in its lower part ( figure). Our initial differential diagnosis included a possible bacterial infection that had subsequently developed into an abscess, Mycobacterium tuberculosis infection, or cystic echinococcosis. The patient was started on antibiotics—piperacillin and tazobactam initially, with linezolid added to cover any presumed infection with community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA). A contrast-enhanced, chest CT scan (coronal reconstruction) showed a large cystic mass with a thick, contrast-enhancing wall in the right upper lobe ( figure). A corresponding lung window CT scan reconstruction showed marked consolidation of the adjacent lung parenchyma, with curvilinear septa within the lesion—the so-called water-lily sign ( figure). These findings were highly suggestive of a ruptured Echinococcus granulosus hydatid cyst in the right upper lobe of the lung.

DUODECIM ekinokokista
 https://www.duodecimlehti.fi/lehti/2002/20/duo93212
Koiraeläinten loismato ekinokokki voi aiheuttaa ihmiselle kystisen tai alveolaarisen ekinokokkoosin. Viimeisten vuosikymmenten aikana Suomessa ei ole tullut esiin kotimaisia tartuntoja mutta ulkomailta tulleilla on todettu muutamia kystisiä ekinokokkooseja. Viimeaikaiset epäilyt koirien ekinokokkitapauksista ja todetut tapaukset poroissa, susissa ja hirvissä tekevät kuitenkin aiheesta ajankohtaisen. Ihminen voi saada tartunnan koiraeläinten tai kissojen ulosteeseen erittyvistä madonmunista. Taudin ehkäisyssä tärkeää on madottaa koirat säännöllisesti ja huolehtia teurastus- ja metsästysjätteistä niin, etteivät ne joudu koirien tai petoeläinten syötäviksi.
Ekinokokit ovat nimestään huolimatta Taeniidae-heimoon kuuluvia heisimatoja ja siis lapamatojen pieniä sukulaisia. Tärkeimmät lajit ovat Echinococcus granulosus ja E. multilocularis. Ensin mainittu aiheuttaa väli-isännässään kystisen ekinokokkoosin ja jälkimmäinen alveolaarisen ekinokokkoosin. E. vogeli ja E. oligarthus ovat harvinaisia ekinokokkoosin aiheuttajia Etelä-Amerikassa.

Muistiin  4.1. 2019