Malarialoisen var-geenituote PfEMP1. Rokoteperusta? ( Vuosi 2010 )

LÄHDE: PLoS Comput Biol. 2010 Sep 16;6(9). pii: e1000933. 

 Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1 diversity in seven genomes--divide and conquer. Rask TS, Hansen DA, Theander TG, Gorm Pedersen A, Lavstsen T. Center for Biological Sequence Analysis, Department of Systems Biology, Technical University of Denmark, Lyngby, Denmark.

Abstract (sitaatti)

• The var gene encoded hyper-variable Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1 (PfEMP1) family mediates cytoadhesion of infected erythrocytes to human endothelium.

http://www.impact-malaria.com/iml/cx/medias/2E33263A-E2D7-46F5-BB53-55C436F7E957.gif
PfEMP-1-niminen malariaplasmodin punasolun kalvoon aiheuttama proteiini välittää sytoadheesiota, jolloin infektoituneet punasolut takertuvat ihmisen verisuonten endoteeliin, sisäpintaan. Tätä proteiinia koodaa var- geeni, mikä takaa proteiinin hypermuuntuvaisuuden.

• Antibodies blocking cytoadhesion are important mediators of malaria immunity acquired by endemic populations.

Siellä missä malaria on väestössä endeeminen tauti, on malariaimmuniteettia muodostavana seikkana juuri ne vasta-aineet, jotka pystyvät blokeeraamaan tuon yllämainitun sytoadheesion, takertuvaisuuden.

• The development of a PfEMP1 based vaccine mimicking natural acquired immunity depends on a thorough understanding of the evolved PfEMP1 diversity, balancing antigenic variation against conserved receptor binding affinities.

On kehitelty rokotetta joka perustuu tuohon PfEMP1 proteiiniin ja rokote matkii luonnollisesti hankittua immuniteettia. Tässä tarvitaan läpikotaisin hyvää ymmärtämystä hankitusta PfEMP1 diversiteetistä, joka tekee tasapainoa antigeenin muuntelun ja konservatiivisen reseptoriin kiinnittymisaffiniteetin kesken.

• This study redefines and reclassifies the domains of PfEMP1 from seven genomes. Analysis of domains in 399 different PfEMP1 sequences allowed identification of several novel domain classes, and a high degree of PfEMP1 domain compositional order, including conserved domain cassettes not always associated with the established group A-E division of PfEMP1.

Tässä tutkimustyössä määritellään ja luokitellaan PfEMP1 domaanit seitsemästä malariaplasmodi-genomista. 399 eri PfMP1 sekvenssin analyysistä saadaan tunnistettua useita uusia domaaniluokkia.

Se hela bilden 768 × 1024 - 125k - gif - sites.huji.ac.il/malaria/maps/PfEMP1new.gif

• A novel iterative homology block (HB) detection method was applied, allowing identification of 628 conserved minimal PfEMP1 building blocks, describing on average 83% of a PfEMP1 sequence. Using the HBs, similarities between domain classes were determined, and Duffy binding-like (DBL) domain subclasses were found in many cases to be hybrids of major domain classes.

-Identifioitiin 628 konservoitua minimaalista PfEMP1 rakenneblokkia, jotka ovat noin 83% PFEMP1 sekvenssistä-domaaniluokkien välisiä samanlaisuuksia identifioitiin. DBL domaanin alaluokat todettiin monessa tapauksessa päädomaaniluokkien hybrideiksi

• Related to this, a recombination hotspot was uncovered between DBL subdomains S2 and S3. The VarDom server is introduced, from which information on domain classes and homology blocks can be retrieved, and new sequences can be classified.

• Several conserved sequence elements were found, including: (1) residues conserved in all DBL domains predicted to interact and hold together the three DBL subdomains, (2) potential integrin binding sites in DBLα domains, (3) an acylation motif conserved in group A var genes suggesting N-terminal N-myristoylation, (4) PfEMP1 inter-domain regions proposed to be elastic disordered structures, and (5) several conserved predicted phosphorylation sites.

• Ideally, this comprehensive categorization of PfEMP1 will provide a platform for future studies on var/PfEMP1 expression and function.

PMID: 20862303 [PubMed - in process]PMCID: PMC2940729Free PMC Article